V našich zemích, které byly do roku 1918 součástí rakousko-uherské monarchie, byla první kontrolní institucí Dvorská účetní komora(Hofrechnungskammer), založená v roce 1761. Název této instituce, která měla působnost pro celou habsburskou monarchii, byl později několikrát měněn. V letech 1792 - 1794 byla v činnosti Hlavní státní účtárna(Staatshauptbuchhaltung), v letech 1794 - 1805 to byla Nejvyšší státní kontrola (Oberste Staatskontrolle) a v letech 1805 - 1840 se instituce nazývala Generální účetní ředitelství (General-Rechnungs-Direktorium). Nejvyšší účetní kontrolní úřad(Oberste Rechnungs-Kontroll-Behörde) byl založen v roce 1840 a pod tímto názvem pracoval do roku 1866, kdy vznikl Nejvyšší účetní dvůr(Oberster Rechnungshof). Nejvyšší účetní dvůr s působností pro naše země existoval až do roku 1919. Po vzniku Československé republiky v roce 1918 na tradici tohoto úřadu navázal Nejvyšší účetní kontrolní úřad v Praze. Úřad byl založen v roce 1919 zákonem o zřízení a působnosti Nejvyššího účetního kontrolního úřadu.

Ministerstvo financí jako ústřední správní úřad pro finanční kontrolu

a) metodicky řídí a koordinuje výkon finanční kontroly ve veřejné správě,

b) vykonává funkci centrální harmonizační jednotky se