Hlava I ustanovení § 25 zákona dále rozvádí odpovědnost, stanovenou v ustanovení § 5 vedoucího orgánu veřejné správy za organizování a řízení finanční kontroly do systému vnitřní kontroly.
Vedoucí orgánu veřejné správy, který odpovídá za celkovou činnost jím řízeného orgánu veřejné správy, je v rámci této odpovědnosti rovněž povinen zavést a udržovat vnitřní kontrolní systém podle kritérií uvedených v ustanovení § 25 odst. 1 písm. a) až c).
Systém vnitřního řízení a kontroly totiž významnou měrou přispívá k dosahování stanovených cílů orgánů veřejné správy[1].
Vnitřní kontrolní systém musí odpovídat podmínkám a prostředí dané organizace a musí splňovatkritéria daná zákonem. Za další musí přispívat k vytvoření takových podmínek v orgánu veřejné správy, aby veřejná správa byla vykonávána hospodárně, efektivně a účelně; včas zjišťovat a vyhodnocovat rizika vznikající v souvislosti s plněním schválených záměrů a cílů.
Při hodnocení rizik, která mohou negativně ovlivnit dosažení záměrů a cílů, je prvořadá jejich identifikace a následná analýza jejich příčin. Tyto činnosti jsou základem pro nalezení optimálního způsobu řízení rizik.
Dále musí mít jasně stanovené postupy pro podávání zpráv příslušným úrovním řízení o výskytu závažných nedostatků a přijímaných opatřeních k nápravě.
Aby mohl vnitřní kontrolní systém plnit výše uvedené funkce, musí vedoucí orgánu veřejné správy vymezit působnost k výkonu finančního řízení a kontroly organizačním složkám státu nebo územního samosprávného celku (které nejsou účetními jednotkami), organizačním útvarům (vymezení náplně činnosti organizačním řádem), vedoucím a ostatním zaměstnancům (zapracování pravomoci a odpovědnosti do funkčních náplní). Podle odstavce 4 jsou funkce vnitřního kontrolního systému povinni v rámci vymezené pravomoci a odpovědnosti zajistit všichni vedoucí zaměstnanci.
V rámci organizační struktury je důležité zajistit povinnosti, jako jasné vymezení rozsahu pravomoci a odpovědnosti všem zaměstnancům, kteří nakládají s veřejnými prostředky, včetně pravidel pro pracovní postupy; dále musí být splněn předpoklad rozdělení funkce s přesně stanovenými hranicemi odpovědnosti při nakládání s veřejnými prostředky.
Zásada oddělení funkcí vyžaduje, aby nebyl žádný pracovní postup prováděn jednou osobou, ale aby se na něm podílelo více vzájemně se kontrolujících osob (§ 26 zákona a § 14 až 17 prováděcí vyhlášky upravují pracovní postupy jednotlivých zaměstnanců při výkonu předběžné řídící kontroly, § 27 zákona a § 18 prováděcí vyhlášky upravují pracovní postupy zaměstnanců při výkonu průběžné a následné kontroly); musí být dokumentovány struktury vnitřní kontroly i veškerá činnost; musí být přijímána opatření k ochraně veřejných prostředků, k jejich hospodárnému, efektivnímu a účelnému využívání; musí být zajištěno plnění hlavních úkolů, aby bylo dosaženo schválených záměrů a cílů. Podle § 25 odst. 3 zákona je vedoucí orgánu veřejné správy povinen informovat Ministerstvo financí v případě výskytu závažných zjištění v rámci vnitřního kontrolního systému do 1 měsíce o těchto zjištěních. Tato povinnost je v souladus informační povinností uloženou vedoucímu orgánu veřejné správy v případě nálezu závažných zjištění při výkonu veřejnosprávních kontrol podle ustanovení § 22 odst. 6 zákona.
Ve smyslu ustanovení § 25 odst. 4 zákona jsou vedoucí zaměstnanci povinni informovat vedoucího orgánu veřejné správy o plnění stanovených úkolů, vzniku významných rizik, závažných nedostatcích v činnosti orgánu veřejné správy.
Pojem "závažný nedostatek" není totožný s pojmem "závažné zjištění", jehož znaky jsou taxativně uvedeny v ustanovení § 22 odst. 6 zákona. Zde jde zejména o nedostatky zjištěné v procesu řízení a systému vnitřní kontroly, přijímaných a plněných opatřeních k nápravě. V ustanovení § 25 odst. 5 zákona je zdůrazněna skutečnost, že se na vnitřní kontrolní systém orgánu veřejné správy nevztahují procesní pravidla podle ustanovení § 12 až 21 zákona.
[1] Je nutno, aby byl zaveden řádný a fungující systém a zajištěna spolehlivá koordinace všech účastníků. Také, jak vyplývá z praxe je nutno zajistit účinnými prostředky, aby veškeré vstupy a výstupy byly pravdivé. (pozn. autora)