Zajištění předběžné, průběžné a následné finanční kontroly užití poskytnutých investičních a neinvestičních prostředků ze státního rozpočtu.
Postupy a metody dané zákonem mají zajistit hospodárné a účelné nakládání s finančními prostředky.
Předběžnou kontrolou se rozumí soulad plánovaných operací na základě schváleného dlouhodobého záměru fakulty, který je pravidelně aktualizován v souladu s dlouhodobým záměrem univerzity. Závazný je i řádně projednaný a schválený rozpočet fakulty na příslušný kalendářní rok.
Průběžná kontrola je prováděna tajemníkem a ekonomickým oddělením . Případné finanční přesuny mezi jednotlivými položkami přidělených finančních prostředků nelze provádět bez souhlasu poskytovatele. Ekonomické oddělení sleduje stav majetku a závazků, vyhotovuje přehledy o čerpání finančních prostředků, odpovídá za správné vedení účetnictví a za úplnost náležitostí účetních dokladů. Sleduje včasné a správné vyúčtování poskytnutých záloh a hotovostních operací.
Následná kontrola je prováděna formou zpracovávání podkladů, výsledných účetních sestav a výsledků hospodaření, a to v hlavní i doplňkové činnosti. Řešitelé grantů a výzkumných záměrů odpovídají za správné čerpání přidělených finančních prostředků.